Можно. Такой вывод следует из письма ФНС от 06.09.2017 № СД-4-3/17731@.
Первый экземпляр бумажного счета-фактуры вы передаете покупателю, второй оставляете у себя. В НК РФ нет запрета на формирование счета-фактуры на разных носителях: в электронной форме и на бумаге. Поэтому для сокращения документооборота ФНС считает возможным подписывать второй, собственный экземпляр счета-фактуры продавца УКЭП руководителя, главбуха, иного уполномоченного лица. Если такой документ нужно распечатать, достоверность УКЭП должен заверить руководитель организации.
Заметим, что Минфин выпускал противоположные разъяснения по этому вопросу. В письме от 30.05.2017 № 03-07-09/33048 ведомство указывало, что возможность для продавца хранить выставленные на бумаге счета-фактуры в электронном виде с электронной подписью действующими НПА не предусмотрена.
О том, кто подписывает счет-фактуру, читайте в этой статье.