Если внутри одного и того же квартала вы получили предоплату и отгрузили товар (сдали работы или услуги), НДС с аванса можно не исчислять.
Для целей главы 21 НК РФ авансами считаются деньги, полученные от покупателей в налоговые периоды, предшествующие периоду отгрузки. С них налог исчисляют обязательно. А платежи, поступившие в том же квартале, что и реализация, признать авансовыми нельзя. Налоговая база определяется по итогам квартала. Поэтому и гонять туда-сюда НДС по таким платежам не обязательно. Достаточно начислить налог только с реализации.
На это не раз обращали внимание суды округов, признавая необоснованным доначисление компаниям такого «авансового» НДС (см., например, постановления АС Северо-Кавказского округа от 14.07.2017 № Ф08-4349/2017, от 07.07.2016 № Ф08-4155/2016, ФАС Северо-Западного округа от 20.02.2014 № Ф07-10666/2013). Есть и аналогичные решения высших инстанций (постановление Президиума ВАС РФ от 10.03.2009 № 10022/08, от 27.02.2006 № 10927/05).
К сожалению, контролирующие органы считают иначе (см. письма Минфина от 12.10.2011 № 03-07-14/99, ФНС от 20.07.2011 № ЕД-4-3/11684). А значит, спор по вопросу очень даже вероятен. Штраф за это вменить не смогут, но пени за период от аванса до отгрузки начислят обязательно.
Оценить готовность к такому спору вам поможет наша статья «НДС по авансовым платежам: примеры, проводки, сложные ситуации». В ней вы найдете позицию Минфина и ФНС, еще примеры из арбитражной практики, а также ответы на другие непростые вопросы уплаты НДС с авансов.