Если лечившая вас крымская медорганизация в надлежащем порядке уведомила Росздравнадзор о ведении медицинской деятельности, отсутствие у нее лицензии не лишит вас вычета по НДФЛ. Это подтвердил Минфин в письме от 11.07.2016 № 03-04-07/40619.
Подробнее о получении вычета на лечение читайте в статье «Документы для получения налогового вычета за лечение».