Мы помним, что с аванса по зарплате НДФЛ в бюджет не перечисляется. Удержание и уплата налога происходят уже по истечении месяца при окончательном расчете с работниками.
См. «Надо ли и когда платить НДФЛ с аванса?».
Если основная часть зарплаты тоже была разбита на 2 части (например, из-за финансовых затруднений), НДФЛ следует удержать и перечислить дважды — с каждой из выплат.
Это подтверждает ФНС в письме от 24.03.2016 № БС-4-11/4999.
В нем рассмотрена ситуация, когда аванс был выдан 20 января, а окончательный расчет произведен частями 10 и 15 февраля. Перечислять налог ведомство порекомендовало не позднее 11 и 16 февраля соответственно.