В раздел 1 расчета 6-НДФЛ выплаты включаются по дате получения дохода, в раздел 2 — по сроку уплаты удержанного с этого дохода НДФЛ.
Например, зарплату за июнь, выданную 30.06.2017, нужно показать в разделе 1 расчета за 1-е полугодие. А в раздел 2 она попадет только в расчете за 9 месяцев, ведь срок уплаты удержанного 30 июня НДФЛ приходится уже на июль.
Об этом — письмо ФНС от 21.07.2017 № БС-4-11/14329@.
Сдавать ли уточненку, если в подобной ситуации вы всё же показали указанную июньскую зарплату в разделе 2 расчета за полугодие, узнайте здесь.