Средний заработок, выплачиваемый работнику за период зарубежной командировки, в том числе длительной, является доходом от источников в РФ, поэтому облагается НДФЛ. Ставка применяется в зависимости от статуса работника: резидент (13%) или нерезидент (30%).
Об этом — письмо Минфина от 21.06.2017 № 03-04-06/38816.
О налоговом резидентстве читайте в статье «Налоговый резидент РФ — это …».