электронный договор с поставщиком

Поставщик отказывается высылать оригинал счета-договора, настаявая на том, что уже отправил нам электронно по е-mail счет-договор на оплату. правомерно ли такое их утверждение? в бумажном варианте у меня распечается, ествественно, как скан без синей печати. какую реакцию можно ожидать от налоговых органов при проверке?

Не вдаваясь в подробности, если счёт-договор Вами оплачен - Вы согласились на сделку (оплатой Вы выразили своё согласие).

Как таковых налоговых последствий быть не должно: множество разовых сделок производится без заключения договора.

Смотрите на это со стороны Гражданского законодательства. Если для Вас существенна сумма в счёте-договоре, а в нем не все реквизиты, чтобы признать его договором, будет затруднительно доказать качество и объём оказанных услуг (поставленных товаров).