OlgaVl, вот что не облагается НДС:
23) работ (услуг, включая услуги по ремонту) по обслуживанию морских судов, судов внутреннего плавания и судов смешанного (река - море) плавания в период стоянки в портах (все виды портовых сборов, услуги судов портового флота), по лоцманской проводке, а также услуг по классификации и освидетельствованию судов.
Как видите, услуг по швартовке здест как бы нет, однако на практике их принадлежность к услугам по обслуживанию... не оспаривается, и практически всегда они предъявляются без НДС.
Вам надо внимательно прочитать далее - все ли у Вас соблюдается: это действительно порт, и швартовка в период стоянки в порту, в пределах ли акватории порта, соблюдены ли условия, установленные капитаном/начальником порта (если они имеются)...
Про физ.лицо - не очень понятно, с одной стороны, Вы говорите, что не агент, а с другой - что услуги оказывает кто-то другой, но извините - портовый агент только и занимается тем, что привлекает фактическую "портовую обслугу", а дальше перевыставляет их кораблю в виде д/б счетов, накидывая свое агентское вознаграждение., которое само по себе НДС буде облагаться.
Поэтому в Вашей ситуации надо еще многое выяснить, чтобы понять, облагаются ли Ваши услуги НДС.