Компенсация использования личного авто сотрудником?

"Я смогу принять в расход только сумму 1200 руб (компенсации)" - вот это утверждение истинно.
Поскольку для принятия к учту расходов УСН действуют те же правила, что по расходам по налогу на прибыль. А последние разрешают применять к учету только сумму компенсации указанную в принятом Правительством постановлении (из которого вы взяли сумму, которую привели). ГСМ туда тоже формально входит.

Чтобы платить компенсацию за автомобиль, составьте с работником двустороннее соглашение об использовании личного имущества в служебных целях. Укажите в нем размер компенсации, технические характеристики (марку автомобиля, год выпуска, объем двигателя, государственный регистрационный номер). Также в соглашении пропишите порядок использования автомобиля — для служебных поездок. Нелишним будет упомянуть и состояние автомобиля: новый, после ремонта и т. п. (ст. 188 ТК РФ). К соглашению приложите копию документа, подтверждающего право собственности на машину (свидетельство на машину или ПТС). Срок действия соглашения может быть любой, но в пределах действия трудового договора. После чего оформите акт передачи имущества и приказ о выплате компенсации работнику. Также издайте приказ о назначении компенсации. Что касается путевых листов, то их желательно оформлять. Именно путевой лист подтвердит, что машина использовалась в рабочих поездках. Организации, которые не специализируются на автотранспортных услугах, заполнять его могут раз в неделю или даже в месяц. Главное, чтобы были прописаны маршруты (письмо Минфина России от 16.03.2006 № 03-03-04/2/77).
Но в Вашем случае для подтверждения производственной необходимости будет достаточно маршрутного листа, т.к. вести путевой лист Вы не обязаны. Это как арендуемый автомобиль. А в маршрутном листе пишите: кто, куда и когда ездил.
Мы маршрутными листами подтверждали пооизводственную необходимость аренды легковых авто. Вопросов не было ни у ревизионки, ни у аудиторов, ни у налоговой.
Компенсация за использование личного имущества — автомобиля не облагается ни НДФЛ, ни страховыми взносами. Посмотрите письмо ФНС России от 27.01.2010 № МН-17-3/15@, подп. «2и» п. 1 ст. 9 Федерального закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ «О страховых взносах...». Поэтому выплата компенсации для вас может более предпочтительным вариантом. Не придется лишний раз считать НДФЛ. Причем даже если вы установите компенсацию в большем размере, чем определена законодательством — вся ее сумма не должна облагаться НДФЛ и страховыми взносами. Такой вывод следует из письма Минфина России от 27.08.2013 № 03-04-06/35076. Поскольку это компенсационная выплата работнику, а не оплата его труда. А нормы законодательством установлены только в целях расчета налога на прибыль и «упрощенного» налога. Правда, не забудьте, чтобы не платить НДФЛ и страховые взносы, у вас должны иметься документы, подтверждающие принадлежность используемого имущества работнику. А также расчеты компенсаций и документы, подтверждающие фактическое использование имущества в интересах работодателя, осуществление расходов на эти цели, а также документы, подтверждающие суммы конкретных расходов. То есть нельзя платить, например, компенсацию в 20 000 руб., в то время как из документов следует, что на служебные поездки и обслуживание авто потрачено только 5000 руб.
В составе расходов при УСН вы можете учесть компенсацию только в пределах норм (подп. 12 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). Нормы маленькие:1200 руб. в месяц для автомобиля с объемом двигателя до 2000 куб. см включительно и 1500 руб. в месяц — свыше 2000 куб. см (п. 1 постановления Правительства РФ от 08.02.2002 № 92). Компенсация по нормам включает в себя в том числе и стоимость израсходованного ГСМ (письмо Минфина России от 16.05.2005 № 03-03-01-02/140). Причем эти суммы учитывают за полный месяц эксплуатации авто. А если автомобиль использовался не каждый рабочий день, норму нужно уменьшать пропорционально дням работы.