С увольнительных по соглашению о расторжении трудового договора свыше 3-х средних месячных заработков (6-ти, если вы «северный» работодатель) удержите НДФЛ. Можете учесть эти выплаты для прибыли в расходах на оплату труда. Это подтвердил Минфин в письме от 19.07.2016 № 03-04-06/42148.

См. также «Порядок расчета и выплаты выходного пособия при увольнении».