Доходом генерального подрядчика для целей УСН признается вся полученная от заказчика выручка, включая средства, покрывающие траты на субподряд (письмо Минфина от 06.10.2016 № 03-11-06/2/58338). Если у вас объект «доходы минус расходы», работы субподрядчика уменьшат налог в составе матрасходов (письмо Минфина от 26.04.2016 № 03-11-06/2/24019).
Подробнее об УСН «доходы минус расходы» в 2015–2016 годах читайте здесь.
Про «доходную» упрощенку см. статью «Порядок расчета налога по УСН «доходы» в 2016 (6%)».