Если вы построили капитальный объект в период применения «доходной» УСН, но в эксплуатацию ввели его только после перехода на общий режим налогообложения, предъявленный при строительстве НДС вы можете принять к вычету. Это подтвердил Минфин России в письме от 16.02.2015 № 03-11-06/2/6844. 

Об условиях вычета см. наш материал «Что такое налоговые вычеты по НДС?».