При переходе на упрощенку НДС по товарам, которые будут использоваться на спецрежиме, восстанавливается. Для этого в книге продаж регистрируются счета-фактуры, на основании которых налог принимался к вычету. Но если срок хранения счетов-фактур истек (а равен он четырем годам) и у вас их нет, можете зарегистрировать в книге бухгалтерскую справку с суммой налога к восстановлению. Это подтверждает Минфин (письма от 25.09.2019 № 03-07-09/73784, от 06.09.2018 № 03-07-09/63731).
Важно! Подсказка от КонсультантПлюс
Порядок восстановления НДС при переходе на УСН зависит от того, какой НДС вы восстанавливаете:
по ОС и НМА, которые будут использоваться в не облагаемой НДС деятельности;
по остальным приобретениям, не использованным до перехода на УСН;
по перечисленным вами авансам, если поставка по ним произойдет, когда вы будете применять УСН.
Как определить НДС к восстановлению, а какие суммы налога можно взять к вычету несмотря на переход на УСН, узнайте в К+. Пробный доступ бесплатен.
Также о восстановлении НДС при переходе на УСН читайте здесь.