Даже если вы приобрели недвижимость до регистрации в качестве ИП, но будучи предпринимателем сдавали ее в аренду, доход от ее продажи вы должны включить в базу по УСН. Причем независимо от того, использовалась ли она в предпринимательстве на момент продажи, а также от того, продали вы ее как ИП или как физлицо (как оформлен договор купли-продажи). Теперь это подтверждает и Верховный суд (Определение от 13.03.2015 № 309-КГ14-7640).

А значит, вам недоступны ни освобождение от НДФЛ, предусмотренное для объектов, находившихся в собственности более 3 лет, ни имущественный вычет по этому налогу (п. 17.1 ст. 217, пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ).

О том, можно ли учесть для налогообложения покупную стоимость проданного объекта, см. наш материал «Как уплатить налог с продажи недвижимости ИП, применяющему «доходно-расходную» УСН».