НДС, уплаченный при приобретении товаров для перепродажи, является самостоятельным расходом «упрощенца». Учитывайте его отдельно от стоимости товаров – по мере их реализации, то есть по факту передачи товаров покупателям независимо от того, оплачены они или нет (см. письмо Минфина от 23.12.2016 № 03-11-11/77461).

В КУДиР НДС отражайте отдельной строкой.

Подробнее об учете НДС в расходах читайте в статье «НДС при УСН доходы минус расходы в 2016 году».