Для начала первоначальную стоимость такого ОС увеличьте на стоимость проведенной модернизации. Затем начинайте амортизировать эту стоимость по тем нормам, которые были определены при введении объекта в эксплуатацию (письмо Минфина от 25.07.2016 № 03-03-06/1/43374).

Подробнее о таких объектах читайте в статье «Полностью самортизированные основные средства - что это?».