Сдавать декларацию и перечислять транспортный налог за авто нужно по месту его нахождения, то есть регистрации в ГИБДД. Автомобили организаций ставят на учет по месту официальной «прописки» юрлица, либо его обособленных подразделений. Значит, платить налог и отчитываться нужно в тот адрес, который указан в уведомлении о постановке на налоговый учет компании или ОП (письмо ФНС от 19.09.2017 № БС-4-21/18669).

Про изменения в транспортном налоге 2017-2018 гг. читайте здесь.