Если у вас есть обособленные подразделения, которые не наделены полномочиями по начислению зарплаты, то отчетность по НДФЛ нужно сдавать по месту нахождения этого подразделения, а по страховым взносам – по месту нахождения головной организации.
На это обращает внимание ФНС в Письме от 14.02.2017 № БС-4-11/2748@.
Если вы решите наделить обособленное подразделение полномочиями по выплате заработной платы, то посмотрите наш материал «По какой форме сообщить о наделении подразделения полномочиями по уплате взносов?».