Могут быть пени. Как можно скорее подавайте заявление о зачете в бюджет ПФР суммы взносов, излишне перечисленных в бюджет медстраха.

Ошибка в КБК, повлекшая неперечисление суммы в бюджет соответствующего фонда, делает обязанность по уплате взносов неисполненной (подп. 4 п. 6 статьи 18 Федерального закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ). А бюджеты у ПФР и ФОМС разные. Поэтому пока зачет не произведут, у вас будет недоимка, и на нее будут «капать» пени. Так и произошло с организацией в деле, которое не так давно рассматривал АС Волго-Вятского округа (постановление от 17.10.2016 по делу № А82-1016/2016). Пени ей пришлось заплатить – арбитры поддержали сотрудников фонда.

Как верно рассчитать пени по страховым взносам, узнайте здесь.