Дни болезни, приходящиеся на отпуск «без сохранения», не оплачиваются ни работодателем, ни ФСС.

Если болезнь продолжилась по окончании такого отпуска, пособие нужно выплатить с того дня, с которого работник должен был приступить к работе. Оплата в обычном порядке: первые 3 дня – за счет работодателя, остальные – за счет ФСС.

Например, больничный выдан с 8 по 18 ноября, по 13 ноября ваш работник находился в отпуске за свой счет. Пособие посчитайте за период с 14 по 18 ноября, при этом с 14 по 16 ноября оплатите за ваш счет.

Это разъяснил ФСС (http://www.r14.fss.ru/archive/224089.shtml).

См. также «Как рассчитывается стаж для больничного листа в 2016 году?».