Если вы подали несколько уточненных деклараций, штраф за неуплату (ст. 122 НК РФ) посчитают исходя из данных последней уточненки. Предыдущие учитывать не будут (письмо ФНС от 14.11.2016 № ЕД-4-5/21472@).

Как при подаче нескольких «уточненок» к доплате избежать штрафа, узнайте здесь.

Составить уточненку по НДС вам поможет наша статья «Как сделать уточненную декларацию по НДС в 2015–2016 году?».