Книгу продаж, книгу покупок и журнал учета счетов-фактур (при его обязательности) вы можете вести в целом по организации, даже если реализуете или приобретаете товары (работы, услуги) через свои подразделения. Это подтвердил Минфин России в Письме от 24.03.2015 № 03-07-11/16050. Обязанности открывать книги на каждое подразделение в Постановлении от 26.12.2011 № 1137 нет. А в отношении журнала прямо сказано, что он ведется по организации.

О том, нужно ли вам вести журнал, см. материал «С 01.01.2015 большинство плательщиков НДС могут не вести журнал учета счетов-фактур».