НДС, предъявленный транспортной компанией при доставке товаров грузополучателю, можно принять к вычету, если услуги по доставке используются в деятельности, облагаемой НДС (Письмо Минфина России от 09.10.2014 № 03-07-08/50898). Конечно, должны соблюдаться и прочие условия вычета: наличие счета-фактуры и принятие услуг к учету на основании соответствующих первичных документов.