Если оплачиваете товары, работы, услуги кредитными деньгами, вычет НДС применяйте в общем порядке (письмо Минфина от 31.08.2016 № 03-07-11/50730). У вычета 3 основных условия, и ограничения по источнику финансирования закупки среди них нет.

Подробнее об условиях вычета читайте «Что такое налоговые вычеты по НДС?».