Если после принятия инспекцией решения о возмещении НДС в заявительном порядке вы подаете уточненку, возмещенные суммы налога подлежат возврату в бюджет с процентами. Это предусмотрено п. 24 ст. 176.1 НК РФ.

Однако выплата процентов не потребуется, если сумма НДС к возмещению в уточненной декларации больше или равна той, что была получена в заявительном порядке по первичной декларации, и право на возмещение по уточненке подтверждено камеральной проверкой.

Уплата процентов призвана компенсировать потери бюджета за излишнее возмещение налога. А в данном случае таких потерь казна не несет.

Это подтвердил ВС РФ в определении от 27.06.2016 № 303-КГ16-657 (направлено для использования в работе письмом ФНС от 07.07.2016 № СА-4-7/12211).

Подробнее о возмещении НДС в заявительном порядке читайте в статье «Особенности и сроки при общем и заявительном порядке возмещения НДС».