Если имущество выбывает по причине аварии, НДС по нему можно не восстанавливать. С этим согласна ФНС РФ (Письмо от 17.06.2015 № ГД-4-3/10451@).

Аналогичные выводы не так давно ведомство сделало в отношении имущества, сгоревшего при пожаре.

См. «Нужно ли восстанавливать ли НДС по сгоревшему имуществу?».