При заключении договора на транспортно-экспедиционное обслуживание товаров, перемещаемых между двумя пунктами на территории РФ применяйте ставку 18%. Нулевая возможна только при организации международной перевозки: это когда пункт отправления или пункт назначения располагается за пределами страны (письмо Минфина от 27.07.2016 № 03-07-08/43828).
Как определить, относится ли услуга к транспортно-экспедиционным, см. «Транспортно-экспедиционные услуги для нулевого НДС расшифровываются по ГОСТу».
Подробнее о нулевой ставке НДС читайте в статье «Ст. 164 НК РФ (2015): вопросы и ответы».