Вы можете не выставлять счета-фактуры покупателям - неплательщикам НДС или освобожденным от этого налога. Для этого необходимо письменное согласие на несоставление счетов-фактур. Минфин России не против оформления такого согласия в электронном виде, если оно подписано электронной подписью или иным аналогом собственноручной подписи (Письмо Минфина России от 21.10.2014 № 03-07-09/52963).

Подробнее об оформлении согласия на несоставление счетов-фактур см. в нашем материале «Как отказаться от счетов-фактур, если покупатель - неплательщик НДС»