В статье 169 НК РФ указано, что счета-фактуры составляются по операциям, признаваемым объектом налогообложения, за исключением освобожденных от НДС статьей 149 НК РФ. Здесь закреплено право не выставлять счета-фактуры по необлагаемым операциям, а не запрет на их выставление. Если вам так удобнее, можете работать со счетами-фактурами. Просто делайте в них пометку «Без налога (НДС)». Нарушением это не будет. Что и подтвердил Минфин в письме от 15.02.2017 № 03-07-09/8423.
Больше узнать о счете-фактуре без НДС и посмотреть образец такого документа можно здесь.