Если с партнером - неплательщиком НДС вы договорились об отказе от счетов-фактур, не выставляйте их ему совсем: ни отгрузочные, ни авансовые (см. Письмо Минфина России от 16.03.2015 № 03-07-09/13808).

Оформить согласие на несоставление вам поможет наш материал «Как отказаться от счетов-фактур, если покупатель - неплательщик НДС».