Налоговики не вправе снимать вычеты из-за того, что продавец нарушил хронологию их выставления. Для этого нужны более веские причины. А именно, доказательства фиктивности операций и получения вами необоснованной налоговой выгоды. Если их нет, ошибки в нумерации не имеют никакого значения. Так же как и неверное указание продавцом КПП.

Если подобного рода претензии предъявляют вам, идите в суд. Но прежде запаситесь доказательствами реальности сделки и своей осмотрительности. Тогда вы вполне можете рассчитывать на положительный исход дела (см., например, постановление АС Поволжского округа от 02.11.2016 по делу № А12-936/2016).

Больше о нюансах нумерации счетов-фактур не по порядку читайте здесь.