По операциям, перечисленным в ст. 149 НК РФ, можно составлять счета-фактуры с пометкой «Без налога (НДС)». Вообще, делать это не обязательно. Но отказ от счетов-фактур – это ваше право, а не запрет. Поэтому если вам так удобнее, можете выставлять. НК РФ это не противоречит и нарушением не является (письмо Минфина от 07.11.2016 № 03-07-14/64908).

Если вы выставите счет-фактуру с налогом, возникнет обязанность перечислить его в бюджет. Можно ли в этом случае принять к вычету «входной» налог, узнайте здесь.