В этом случае можно обойтись без счета-фактуры на аванс. На его выставление у вас есть 5 календарных дней со дня получения предоплаты. Если в этот период происходит отгрузка, счет-фактуру выставляют на нее. А на предоплату он уже не требуется. Это подтвердил Минфин в письме от 10.11.2016 № 03-07-14/65759.

О вычете «авансового» НДС читайте: