Если товары, работы, услуги агент реализует от имени принципала, счета-фактуры покупателям выставляет последний. Специальных правил для этого нет, поэтому документы оформляются в обычном порядке. При этом агенту не придется регистрировать их в своем журнале учета счетов-фактур. Ведь выставил их не он. 

Это подтверждает Минфин (письма от 28.04.2018 № 03-07-09/29386, от 19.10.2015 № 03-07-14/59665). 

Подробнее см. «Как оформлять счета-фактуры при продаже товаров через посредника?».