Счет-фактуру, пришедший до 25-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором ТРУ приняты на учет, можете включить в декларацию за истекший квартал (п. 1.1 ст. 172 НК РФ, письмо Минфина от 30.05.2016 № 03-03-06/1/31061).

О том, когда заявить вычет, если документ запоздал сильнее, узнайте из статьи «Когда применять вычет НДС по счету-фактуре, поступившему несвоевременно?».