Если вы являетесь крупнейшим налогоплательщиком, в счетах-фактурах отражайте КПП из уведомления по месту постановки на учет в этом качестве. Именно его вы указываете в декларации по НДС. А значит, налоговикам будет проще администрировать налог. На это указал Минфин России в Письме от 20.08.2015 № 03-07-09/49236.

Если вас интересуют другие подробности оформления счетов-фактур, читайте статью «Постановление Правительства РФ № 1137: нюансы заполнения документов по НДС».