Для кода вида товара по ТН ВЭД в счете-фактуре обещана специальная графа. Но пока документ не подправили, код можно указывать в любом удобном месте при условии сохранения утвержденной формы (письмо от 14.10.2016 № 03-07-13/1/59916).

Можно ввести допграфу самостоятельно. А можно просто приписывать код к наименованию товаров в графе 1.

Еще один способ дополнения счета-фактуры, предложенный ФНС, ищите здесь.

Напомним, что данный код требуется в счетах-фактурах при вывозе товаров на территорию стран ЕАЭС.