Дополнительные реквизиты не должны нарушать установленную форму счета-фактуры. Например, их можно вписать между строкой 7 «Валюта: наименование, код» и табличной частью. Не возбраняется и дополнение таблицы. Главное – соблюдать последовательность всех строк и граф документа.

Это подтвердила ФНС в письме от 17.08.2016 № СД-4-3/15094@.

Несколько иные рекомендации ранее давал Минфин – см. «Где в счете-фактуре указывать допреквизиты?».