Всю сумму НДС, указанную в счете-фактуре, вы должны перечислить в бюджет. Даже в том случае, если местом реализации товаров (работ, услуг) не признается территория РФ. На это указал Минфин России в письме от 03.12.2014 № 03-07-08/61765.