При реализации ценных бумаг считать пропорцию для целей раздельного учета «входного» НДС вы должны исходя из стоимости всех ценных бумаг, реализованных за соответствующий налоговый период. Порядок расчета стоимости установлен пп. 5 п. 4.1 ст. 170 НК РФ. Об этом – Письмо Минфина России от 26.11.2014 № 03-07-11/60111.