Если вы – не банковская организация, операции по обмену иностранной валюты на рубли не учитывайте в пропорции раздельного учета «входного» НДС.

Эта пропорция считается исходя из облагаемой и необлагаемой реализации. А для вас обменные операции таковой не являются. Специальных указаний на их счет пп. 4, 4.1 ст. 170 НК РФ также не содержат. Значит, влиять на раздельный учет они не должны. 

Это подтвердил Минфин в письме от 27.06.2016 № 03-07-11/37282.

Подробнее о раздельном учете читайте в статье «Как ведется раздельный учет по НДС (принципы и методика)?».