СМР для собственного потребления являются объектом обложения НДС. А значит, их следует учитывать при расчете пропорции, предусмотренной п. 4 ст. 170 НК РФ.

В расчет включайте все фактические расходы на выполнение указанных работ за соответствующий период (письмо Минфина России от 26.02.2016 № 03-07-11/10717).  

Подробнее о раздельном учете читайте в статье «Как ведется раздельный учет по НДС (принципы и методика)?».