Вы можете не платить НДС при передаче неисключительного права на использование программы для ЭВМ на основании пп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ, если она происходит в рамках лицензионного договора. Это подтверждает Минфин России в своем письме от 01.10.2014 № 03-07-11/49056.

Если заключается иной договор, освобождение от НДС не применяется.

Подробнее см. в нашем материале «Можно ли не платить НДС при передаче прав на использование программного обеспечения без лицензионного договора?».