Если подтвердить нулевую ставку в установленный срок не удалось, и вы исчислили и уплатили в бюджет НДС по экспортной операции, можете учесть его в расходах по налогу на прибыль на основании подп. 1 п. 1 ст. 264 НК РФ. Теперь с этим согласен и Минфин России (см. Письмо от 27.07.2015 № 03-03-06/1/42961).

Подробнее об экспортном НДС см. наши материалы:

- «Каков порядок учета и возмещения НДС при экспорте?»;

- «Какова процедура возмещения НДС по ставке 0% (получение подтверждения)?».