Продажа товаров через комиссионера - иностранца облагается НДС. В том числе и в случае, если товары вывозятся за пределы РФ в процедуре временного вывоза, которая затем изменяется на процедуру экспорта (письмо Минфина от 13.10.2016 № 03-07-08/59802). 

Ставку можно применить нулевую. Подтверждайте ее в обычном порядке, в комплект документов включите в том числе договор с посредником, а также заключенный им договор с покупателем на экспортную поставку.

Подробнее об НДС при экспорте читайте в статье «Каков порядок учета и возмещения НДС при экспорте?».