Если заказчик услуг сверх цены договора возмещает вам расходы на командировки сотрудников, связанные с исполнением этого договора, полученное возмещение облагайте НДС.

По мнению Минфина России, данные суммы связаны с оплатой услуг и должны увеличивать налоговую базу на основании подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ (Письмо от 22.04.2015 № 03-07-11/22989).

Налог исчисляйте при получении возмещения по расчетной ставке 18/118, а суммы «входного» НДС по командировочным принимайте к вычету.

Противоположную точку зрения вы можете найти в нашем материале «Как исчисляется НДС при возмещении расходов?».