Унитарное предприятие, применяющее УСН, не является плательщиком НДС. Поэтому при приобретении у него имущества вы не становитесь налоговым агентом по этому налогу. Такие разъяснения дал Минфин России в Письме от 06.10.2014 № 03-07-14/50049.

От себя добавим, что агентские обязанности у покупателя возникают только в том случае, если имущество не закреплено на праве хозяйственного ведения или оперативного управления за соответствующим предприятием (ГУПом или МУПом). Если у имущества есть балансодержатель, вы не признаетесь налоговым агентом независимо от того, какой налоговый режим он применяет.