При передаче арендодателю объекта аренды с неотделимыми улучшениями происходит безвозмездная реализация результатов «улучшительных» работ. С нее нужно исчислить НДС. Базу по налогу определяйте исходя из рыночной стоимости работ по улучшению имущества (письмо Минфина от 27.10.2016 № 03-07-11/62656). Можно взять, к примеру, цену, уплаченную подрядчику.

См. также «Кто уплачивает налог на имущество со стоимости неотделимых улучшений недвижимости?».