Если продавец отгружает вам товары через головной офис и через свои подразделения, КПП в полученных от него счета-фактурах будут различаться. В книге покупок ставьте тот КПП, что указан в данном конкретном счете-фактуре. Так сказано в письме ФНС от 16.11.2016 № СД-4-3/21730.

Подробнее о книге см. «Какие основные правила заполнения и ведения книги покупок в 2015-2016?».