Такой счет-фактуру нужно регистрировать в книге покупок по частям – на даты, когда возникает право на вычет. Сумму вычета по внутренним операциям вы отразите в общем порядке. А часть суммы, приходящуюся, например, на экспорт, включите в книгу тогда, когда подтвердите нулевую ставку НДС. Об этом напомнил Минфин России в Письме от 02.03.2015 № 03-07-09/10695.

О вычете при экспорте см. наш материал «Как применить вычет НДС по экспортным операциям».